| 序号 | 研究所名称 | 下设研究室名称 |
| 1 | 生命科学研究所 | 发育与进化植物学研究室 |
| 系统植物学研究室 | ||
| 草地生理生态学研究室 | ||
| 原生动物学研究所 | ||
| 水生动物研究室 | ||
| 2 | 生物工程研究所 | 细胞遗传学研究室 |
| 基因工程研究室 | ||
| 遗传工程及分子生物学研究室 | ||
| 植物分子生物学研究室 | ||
| 3 | 化学研究所 | 量子化研究室 |
| 色谱分析研究室 | ||
| 配合物化学研究室 | ||
| 多酸化学研究室 | ||
| 有机合成研究室 | ||
| 电气学研究室 | ||
| 天然气化工催化研究室 | ||
| 4 | 凝聚态物理研究所 | 凝聚态物理理论研究室 |
| 凝聚态物理实验研究室 | ||
| 半导体材料研究室 | ||
| 5 | 物理教育研究所 | 物理数学论理论研究室 |
| 物理实验教学研究室 | ||
| 现代物理教育技术研究室 | ||
| 6 | 数学与系统科学研究所 | 优化与控制研究室 |
| 泛函分析研究室 | ||
| 代数学研究室 | ||
| 信息科学研究室 | ||
| 7 | 中国语言文学研究所 | 中国古代小说研究所 |
| 语义语用研究室 | ||
| 中国文化研究室 | ||
| 8 | 中国古籍整理研究所 | 古籍整理研究所 |
| 中国文化史研究室 | ||
| 辞书研究室 | ||
| 9 | 历史研究所 | 中国古代史研究室 |
| 中国近代史研究室 | ||
| 世界古代史研究室 | ||
| 中外关系研究室 | ||
| 10 | 远东科技与社会发展研究所 | 俄罗斯自然科学研究室 |
| 科技与社会发展研究室 | ||
| 东方文化与生命哲学研究室 | ||
| 11 | 中国边疆经济研究所 | 综合研究所(理论、体改) |
| 发展教研室(理论、经济发展) | ||
| 12 | 教育科学研究所 | 教学论研究室 |
| 教育管理研究室 | ||
| 心理测量与心里咨询研究室 | ||
| 13 | 计算机应用技术研究所 | 软件研究室 |
| 硬件研究室 | ||
| 多媒体研究室 | ||
| 14 | 高师教育研究所 | 高师教育研究室 |
| 高师教育管理研究室 | ||
| 比较高师教育研究室 | ||
| 15 | 政治教育研究所 | 高师德育研究室 |
| 教师职业道德研究室 | ||
| 教育艺术研究室 | ||
| 16 | 环境科学研究所 | 环境影响评价研究室 |
| 环境地学研究室 | ||
| 环境生物研究室 | ||
| 环境化学研究室 | ||
| 环境物理研究室 | ||
| 17 | 哈尔滨实达计算机技术应用研究所 | ? |
| 18 | 民意研究所 | ? |
| 19 | 体育文化交流与发展中心 | ? |
| 20 | 中国河洛文化研究所 | ? |
| 21 | 环境艺术设计研究所 | ? |
| 22 | 曾远荣泛函分析研究所 | ? |
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